Sebahagian besar domain tidak diketahui fungsinya. Domain fungsi tidak diketahui (DUF) ialah domain protein yang tidak mempunyai fungsi yang dicirikan. Keluarga ini telah dikumpulkan bersama dalampangkalan data Pfam menggunakan awalan DUF, diikuti dengan nombor, dengan contoh ialah DUF2992 dan DUF1220. Kini, terdapat lebih 3,000 keluarga DUF dalam pangkalan data Pfam yang mewakili lebih 20% keluarga yang diketahui.[61] Bilangan DUF dalam Pfam telah meningkat daripada 20% (2010) kepada 22% (2019), kebanyakannya disebabkan oleh peningkatan bilangan jujukan genom baharu. Keluaran Pfam 32.0 (2019) mengandungi 3,961 DUF.[62]